El éxito de una plantación radica en alto grado en la calidad del material de siembra . La investigación genética, el desarrollo de nuevas variedades y clones ha sido realizada desde hace aproximadamente 50 años por el INIAP (Instituto Nacional de investigaciones agropecuaria), para la obtención de plantas que tengan el aroma y sabor floral característicos del cacao Nacional.
En la estación experimental Pichilingue el INIAP dispone de una colección de 589 clones que constituyen la base genética del cacao Nacional. El INIAP ha generado seis clones: EET 19- 48-62-95-96-103 con características de sabor y aroma típicos del cacao Nacional.
Para la provisión de plantas de tipo Nacional existen 6 viveros, entre los cuales el de INIAP en Pichilingue tiene una capacidad de producir 200 000 plantas anuales pero solamente se generan entre 20 000 a 30 000 plantas por año. En Naranjal y la Troncal existen 2 viveros que producen plantas clonales de CCN51.
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